الهندسـةالطبيـة هي إحدى فروع المعرفة التي تعمل من خلال تكامل مجالين من مجالات المعرفة ألا وهى الهندسة والطب من أجل الرقى بصحة الناس إلى مستوى  أفضل وذلك من خلال إبتكار معدات طبية لمساعدة الجسم البشرى على القيام بوظائفه الحيوية على أكمل وجه وتصنيع أعضاء لتعويض الأعضاء التي فقدت لأي سبب كان. فالهندسة الطبية هي العلم الذي يجمع بين علوم الهندسة (الميكانيكية والكهربائية والالكترونية والحاسوبية ) وبين العلوم الطبية الحيوية والفيزيولوجية، حيث تطبق النظريات و التقنيات الهندسية المتقدمة للتعامل وتحليل وحل المشكلات الطبية الحيوية وذلك من خلال تصميم أدوات وأجهزة مناسبة لقياس المنظومات الفيزيولوجية والحيوية وفهمها وتطوير أجهزة قادرة على معالجة الأمراض والتعامل معها، مما يتطلب دراسة طريقة عمل هذه الأجهزة وصيانتها ونمذجتها. وبالتالي ظهرت الحاجة إلى وجود مهندس يلم جزئياً بكل هذه الاختصاصات من جهة ويستطيع أن يتعامل مع الأطباء من جهة أخرى مع الإنتباه على أنه ليس بديلاً عن أي منهم. فالمهندس الطبيب يجب أن يكون متمتعا بخلفية هندسية قوية وله ما يكفى من المعلومات في مجالات العلوم البيولوجية والفسيولوجية والطب حتى يتمكن من أداء وظيفته على أكمل وجه. إن الهندسة الطبية تتيح بشكل كبير الإبداع والتطوير والاختراع وذلك لتنوع المجالات الطبية ولضخامة المنظومات الفيزيولوجية (الجسم البشري) التي يتعامل معها هذا المجال من الهندسة.

تم استحداث قسم الهندسة الطبية بألاكاديمية الليبية بناءًا على قرار أمين الأكاديمية  سابقا رقم (147) لسنة 2004 م. الدراسة الفعلية بالقسم بدأت بفصل الربيع 2005م.

نتوق لأن نكون قسماً مميزاً محليا ودولياً من ناحية التدريس والبحث والتطوير والعلاقة المميزة مع المجتمع الصناعي. كما نعمل على تطوير مناهجناً بحيث تشمل تخصصات حديثة مثل هندسة تصميم البدائل والمعلوماتية الحيوية.

يسعى القسم إلى أعداد كفاءات ومهارات متخصصة في كافة مجالات الهندسة الطبية المختلفة وذلك بإتباع المنهج الإبداعي في التعليم والذي يعتمد على تدريب الطالب على إتباع أسلوب التفكير العلمي والتحليل واكتساب مهارة التعلم الذاتي لمعاونته في استخدام العلوم الهندسية لحل المشكلات الطبية.

لقسم الهندسة الطبية مجموعة من الأهداف ومن بينها: 

1. ترسيخ قاعدة البحث العلمي وإعداد متخصصين في مجال الهندسة الطبية.
2. تنمية روح البحث العلمي لدى طلاب القسم وتدريبهم على أساليب ومناهج البحث العلمي الحديث في مجال الهندسة الطبية. 
3. تقديم المعرفة في المجالات ذات العلاقة بالخدمات الصحية العلمية بما يساهم في خدمة المجتمع و تطوره وتنمية قدراته.  
4. تبنى المؤتمرات العلمية والحلقات الدراسية التي يمكن أن تسهم في تطوير الأساليب والمناهج المعتمدة في المجالات الحياتية كافة.
5. إعداد كوادر مؤهلة للقيام بالتدريس بالجامعات والمعاهد العليا. 
6. تزويد القطاعات الخدمية والإنتاجية بكفاءات عالية التأهيل للرفع من مستوى خدماتها للمجتمع.